Flagg deles inn i systemflagg og morfologiske flagg.
Systemflagg varsler brukeren om at det kan være feil både relatert til den enkelte prøve eller forårsaket av system problemer. Dersom det forekommer slike flagg bør analyseresultatet vurderes manuelt avhengig av hvilke varsel det gjelder.
Det varsles med morfologiske flagg når det er noe unormalt med celletellingen eller celledifferensieringen. Dette innebærer blant annet større eller mindre celler enn normalt, høyere eller lavere antall celler, eller unormale celletyper.
Morfologiske flagg
BAND – antas å være stavkjernede nøytrofile granulocytter tilstede.
IG – antas å være umodne granulocytter tilstede.
BLAST – antas å være blastceller tilstede.
VARLYMF – indikerer unormale lymfocytter.
nvWBC – antas å være ikke levedyktige WBC tilstede.
FP – indikerer en uidentifisert populasjon med fluorescerende celler.
rstRBC – antas å være hemolyse resistente RBC tilstede.
ASYM – indikerer en unormal RBC populasjon eller annen cellepopulasjon som legger seg i «RBC volume distribution».
IR – antas å være umodne Retic tilstede.
PltClmp – antas å være aggregerte Plt tilstede.
CD61Agg – antas å være aggregerte plater tilstede ved CD61 Plt analyse